かつて、「マガイラボ」と呼ばれる施設が存在した。それは、人類とその管理者たちによって運営され、さまざまな異質な存在、すなわち「マガイモノ」を管理する場所であった。マガイモノとは、科学では証明できない謎の存在を指す。それらは恐ろしい力を持ちながらも、どこか人間的な要素を抱え、危険と共に存在していた。 しかし、マガイラボの崩壊により、管理されるべき存在であったマガイモノは自由を得ることとなり、その結果、世界には数多くの紛異体があふれ出した。彼らの存在は人類にとって脅威となり、社会の秩序を乱す原因となる一方で、その力を利用しようとする者たちも現れた。 新たに立ち上がったのは、かつての管理体制を遥かに上回る厳格な規律を敷く者たち。彼らは紛異体に対し感情や倫理を排除し、ただ徹底した管理のもとで紛異体を制御することを誓った。これこそが、RE:紛異体之管理（Eclipse Lab/エクリプスラボ）。管理された紛異体(マガイモノ)はもはや恐れられることなく、まるで機械のように従順に振る舞う。人間の未来を切り開くために、徹底的な管理と制御の体制が敷かれる。 だが、その先に待つのは、新たな希望か、それとも無慈悲な終焉か――。管理された世界の中で、希望の光が見える者もいれば、その冷徹さに押し潰される者もいる。全ては、紛異体という存在と人類の向かう先に委ねられる。
